Der Schutz der Wälder weltweit hat bei OTTO auch im Möbeleinkauf einen hohen Stellenwert: Um den sorgsamen Umgang mit dem Rohstoff Holz zu unterstützen und Raubbau an Waldgebieten zu verhindern, müssen die Lieferanten mittlerweile für alle Hölzer einen Herkunftsnachweis und sehr häufig auch ein zusätzliches Zertifikat erbringen. Hier akzeptiert OTTO z.B. Naturland, TFT oder FSC, in begründeten Ausnahmefällen auch regionale Zertifikate. Langfristiges Ziel ist allerdings die Ausweitung des Angebots an Möbeln mit dem Siegel des international anerkannten Forest Stewardship Council (FSC). Anliegen des 1993 gegründeten FSC ist es, den Erhalt der Wälder und ihrer vielfältigen Funktionen zu gewährleisten, indem ein Ausgleich zwischen den unterschiedlichen gesellschaftlichen Interessen geschaffen wird. Nur Produkte aus Forstbetrieben, die nachweislich nach den Prinzipien des FSC handeln, dürfen das FSC-Siegel tragen. Mit der Zertifizierung sind unabhängige Organisationen beauftragt. 1997 ist OTTO Gründungsmitglied der deutschen FSC-Buyers-Group „Gruppe 98“ gewesen, die durch gezielte Nachfrage die nachhaltige Forstwirtschaft unterstützen sollte; seit 1999 werden im OTTO-Sortiment FSC-Produkte angeboten. 2006 wurde OTTO FSC-Vollmitglied.

Als erstes deutsches Versandhandelsunternehmen hat OTTO außerdem 1996 RUGMARK-Teppiche in den Katalog aufgenommen. Das RUGMARK-Siegel steht dabei für handgeknüpfte oder handgetuftete Teppiche aus Indien oder Nepal, die ohne illegale Kinderarbeit hergestellt worden sind. Dies ist in der südasiatischen Teppichindustrie, wo die meisten handgefertigten Teppiche für Europa und Nordamerika herkommen, leider keine Selbstverständlichkeit. Deshalb gründeten das Bischöfliche Hilfswerk Misereor, Brot für die Welt, terre des hommes und Unicef 1995 RUGMARK. Durch einen unabhängigen Zertifizierungsprozess verhindert RUGMARK unzulässige Kinderarbeit in den Knüpfereien. Ein Prozent des Einkaufspreises für die Teppiche kommt außerdem Sozialprogrammen für ehemalige Kinderarbeiter zugute, denen RUGMARK den Schulbesuch und eine Ausbildung ermöglicht. Zwischen 1996 und 2006 haben die OTTO-Kunden durch ihre Nachfrage nach RUGMARK-Teppichen mit insgesamt ca. 500.000 Euro zum Gelingen dieses Projekts beigetragen.